Берем чистый микроконтроллер ATMEGA328P-PU, подключаем его к Arduino Uno R3.

Программируем с помощью Arduino IDE, она сама выставит необходимые fuse bits.

Последовательность такая:

1. Выбираем "Файл" - "Примеры" - "Arduino ISP" и этот скетч заливаем в Arduino Uno R3

2. Программатор готов, теперь подключаем к Arduino Uno микроконтроллер ATMEGA328P-PU

Вариант подключения:

http://arduino.cc/en/Tutorial/ArduinoISP

3. Выбираем плату для микроконтроллера (Сервис > Плата > Arduino NG or older w/ ATmega8). Если используется не ATmega8, а другой микроконтроллер, то и платку нужно выбирать соответствующую ему.

4. Выбираем программатор (Сервис > Программатор > Arduino as ISP)

5. Запись bootloader (Сервис > Записать загрузчик)

6. И все, новая Arduino готова к работе

Смотрим видео:

http://www.youtube.com/watch?v=PmS5JUm9Ub0