Выносим кеш и временные таблицы mysql в память. для этого подключим ram-диск:

mount -t tmpfs -o size=1024M tmpfs /tmp/mysql/
echo 'tmpfs                   /tmp/mysql              tmpfs   size=1024M,mode=01770,uid=100,gid=101,noatime 0 0' >> /etc/fstab

В конфиге Mysql /etc/my.cnf добавляем директиву в блоке [mysqld]:

tmpdir=/tmp/mysql/ 

И перезапускаем mysql сервер.
увидеть создаваемые временные файлы можно с помощью lsof

lsof /tmp | grep mysql